郑和纪念馆坐落在南京太平南路东、马府街北的郑和公园内，其地即郑和在南京任守备太监时的府邸花园故址。郑和，本姓马，回族，云南昆阳州（今昆明市晋宁县）人，生于明洪武四年（1371年）。其远祖系西域人，元朝时其六世祖赛典赤·瞻思丁曾被封为“咸阳王”。由于西域人无姓氏，故至郑和五世祖马速忽时，即改称马氏。郑和的父亲生于元末，因曾至伊斯兰教圣地麦加朝圣，而被尊为“哈只”（阿拉伯语，意为“巡礼人”）。明太祖朱元璋推翻元朝后，派颖川侯傅友德率30万大军征讨云南。郑和一家惨遭兵祸，父亲马哈只身亡，年仅12岁的郑和也被俘虏到京师南京，做了燕王朱棣的侍童。郑和成年后，精明能干，很有抱负，深得朱棣赏识。因在“靖难之役”郑家坝一役中有功而受御赐“郑”姓。朱棣登上皇位后，遂将郑和擢升为内官监太监。由于郑和崇奉佛教，后来人们便用佛教教义中的佛、法、僧三宝，尊称郑和为“三宝太监”。
朱棣称帝后，一反太祖朱元璋的海禁政策，毅然命郑和出使西洋诸国，开展经济贸易和文化艺术交流。从1405至1433年的28年间，郑和率领庞大的船队七下西洋，远航亚非30余国，沟通了中国与亚非各国的交往，增进了与各国的友谊。郑和也因此成为世界上最伟大的航海家之一。
为纪念郑和航海580周年，经国家有关部门批准，南京市和白下区人民政府共同投资，在郑和公园东南角兴建了郑和纪念馆。纪念馆于1985年落成，叶飞为纪念馆题写了馆名。该馆是一组建筑面积为734.2平方米的仿明建筑群。主体是一幢两层楼的展览厅，附设有仿古平房（内设郑和学术研讨馆）及六角凉亭各一，其间紫藤成荫，翠竹掩映，绕以回廊、花墙，具有江南园林之趣。穿过纪念馆大门门厅，只见院内曲径通幽，花木繁茂，其中有郑和从西洋携回的珍贵品种——五谷树和西府海棠。
郑和纪念馆内的基本陈列以郑和下西洋的航海活动为主线，展现了伟大航海家郑和的生平和业绩。馆内展品除大量实物外，还有模型、图表、照片、文献等170余件，囊括目前国内已发现的有关文物和遗迹。在序厅迎面的黑色大理石基座上，安放着一尊手执诏书的郑和半身石雕像。雕像背面是一幕巨幅油画：万里浩淼、波涛汹涌的海面上，浩浩荡荡的郑和舟师正鼓足风帆，乘风破浪，际天而行。墙壁上有郑和航海年表及电动的郑和航海总图，以生动直观的形式使观众在参观伊始便对郑和的形象及其事迹有一个概括的认识和了解。
序厅后的第一展室，介绍了我国秦汉至宋元以来的航海科技成就、航海活动以及明代封建统一国家的建立和社会经济的发展，揭示了郑和大规模航海活动的时代背景。在众多展现郑和生平家世的陈列品中，最引人注目的要数目1983年在兴建纪郑和念馆时出土的大批明初瓷片，其中以具“马”字墨书的瓷片尤为珍贵，因为它无可辩驳地证明了该纪念馆就是建立在南京郑和府邸遗址上的。
楼上第二展室的陈列内容以“郑和下西洋是15世纪世界航海史上的壮举”为主题，分发达的造船业、庞大的船队、先进的航海技术、遥远的航程四个单元，突出介绍了郑和历次下西洋的光辉业绩。这里的展品极为丰富，既有郑和下西洋的出发地——南京龙江宝船厂遗址出土11.07米长的大舵杆和巨型绞关木、铁锚、石臼等，也有按原物复制的郑和第七次出洋前夕与同为正使太监的王景弘等在福建“发心铸造”的一口铜钟（原物现存福建省南平市博物馆），还有按1:85的比例精制的郑和所乘大 宝船模型，足以让人领略到明初造船业的发达。
此外，呈“一”字展开式陈放的明代《郑和航海图》（复制）也颇为引人注目。全图从南京下关沿江的天妃宫、静海寺等地绘起，经太仓刘家港，过长江口至福建闽江五虎门出洋，沿海岸抵占城国（今越南中南部），然后一直向前经南洋群岛、马六甲海峡，进入印度洋，直抵波斯湾、非洲东海岸诸国。所记沿途地名540多个，其中约300个是外国地名，包括城市、岛屿、航标、河道、山脉等。可以说，这幅航海图是郑和船队数十年航海经验的知识总结，反映了15世纪时中国的航海水平。
附设在学术研讨馆内的第三展室，以“郑和下西洋进出口货物明细表”， 泥国王“托葬中华”的照片及其他实物标本展示了郑和下西洋的伟大成就和深远影响。郑和下西洋，开辟新航线，不仅扩大了中国与亚非各国的经济文化交流，同时也是中国人民对世界的伟大贡献。正因为如此，郑和本人至今仍受到亚非各国人民及南洋华侨的敬仰和怀念，展室中的图片资料，大都是对郑和在这些国家的遗迹的客观反映。值得一提的是，照片反映的庙塔等纪念性建筑物，有不少是当地人民出于对郑和的怀念自发建成的。
整个展览的结束语中引用了邓小平的一段话，强调“开放，国运昌隆；闭关，国势积弱”，纪念郑和的现实意义即在于此，发人深思。
郑和墓位于南京南郊牛首山南麓，近年由文物部门重新修建，墓圹全由白石砌成，四周饰以端云、香草、莲花图案及阿拉伯文字，藻饰浮雕，古朴美观。墓圹下铺设28级台阶，每隔7级设置一处平台，分为4段，象征着郑和航海28年七下西洋。郑和墓里埋葬的是这位伟大航海家的真体亦或衣冠，现尚难确证。